第一，根据财税文件的表述，对个人独资企业投资者取得的房屋或其他财产，视为对投资者的利润分配，按照“个体工商户的生产、经营所得”项目计征个人所得税。这说明，在个人独资企业和自然人投资者之间，还存在一个支付所得的关系。
第二，按照国家税务函的规定，扣缴义务人的口径应当统一为：有权决定支付对象和税务机关确定的支付金额的单位和个人。然而，在被投资公司的自然投资者与独资企业之间仍然存在着一层个人独资。因此，在这种情况下，被投资公司不适合做扣缴义务人。
第三，根据上海市地方税务局6月初发出的一封信，根据国家税务总局现行的个人所得税申报表格式，个人所得税代扣代缴制度第三阶段的客户，整合了个人独资企业代表投资者申报个人所得税的功能。这也是一个并排的证据。不过，浙江省地方税务局曾经发布过一份文件，前段时间俊格的微信官方账户也提到了，但容格表示，这份文件仍然无效。前几天，我问我的朋友，他保存了当地的税金，并确认这份文件仍然有效。根据这份文件，回到以前的案例：你在上海的独资公司在杭州投资我公司，那么当我在杭州的公司付给你股息时，它必须为你履行代扣代缴个人所得税的义务。此外，它还要求上海的独资企业向杭州的公司提供北京人的姓名、身份证号码、职位、户籍等信息。那么这笔钱自然就交给了杭州的地方税务局。因此，在这种情况下如何扣缴个人所得税，不能充分考虑原则，看投机，还要看地方法规，具体咨询地方税务机关。